Update the version info of structOntology.

Fix possible path issues to the structBrowse tool

Modifying the class, property and individual views such that when we create a new entity, we define it using the base URI of the ontology, and not the internal one given by the system.

Fix some styling issues with the structOntology component. Also add a "font" and a "link" icon within the input element of the tool. That way, people will be able to distinguish an input that will be interpreted as text, and one as a reference of anothee resource (so, a URI).

Add a new defautl property "sco:color" in the Class view. This is used to define a default color for a class. This is normally used to define a default color for the instances of that class. By example, this will be used by the sWebMap component to display certain type of individuals, using a specific color when polygons and polylines and drawn on the map component.

Upgraded structOntology to:

(1) Being able to update the title and the description of an ontology.js
(2) Adding a new functionality to categorize ontologies in one of three categories: local, reference and administrative.

(1) Added a new method on the Subject class called "setDescription" to redefine the description of a subject.

(2) Added a new optional parameter to the Resultset's "saveN3" method. This new parameter is a URI. If a URI is specified for this parameter, only the description of the entity referenced by this URI will be returned. If nothing is specified, the entire resultset will be returned.

Update the structOntology version.

Fix the Resultset's method "escapeN3" to search and replace *all* double quotes characters, and not just the first one.

The Ontology: Update/Create/Delete web service does return an empty body, and not an empty JSON object. This means that we have to rely on the HTTP status to know if the query is a success or not. Otherwise, jQuery will return a JSON parse error since it tries to parse an empty string which returns a parse error. These modifications does fix this issue

Add missing files for the new Individuals tab in structOntology.

Upgrade the structOntology module version.

Fix an issue with the resultset_saveN3() function that was not properly handling a literal value if that value had a type or a language attached to it.

Fix a small CSS glitch with the background DIV of the save button.

Updated the version of conStruct.

Fix an issue to get the JavaScript <script> tag from a template file.

New option to export a dataset using the commON format

New version of structOntology which includes a first version of an Individuals tab.

(1) Add a new export format: "WSF+JSON" which is the internal WSF format formatted in JSON.

(2) Remove unnecessary commented code from the module's file.

Change the version of the structView module.

Add a new mime "template/html" that is handled by the structView module. This new mime will return the templated part of a record's view page: but without the Drupal theme's surounding layout.

What is returned here is what is created by the smarty template with in addition the CSS and JS loaded by the page. The end result is a clean, template version of the record's view.

This new mime should be used by anyone who wants to display the templated version of a record within other regions of other webpages (such as a popup window, etc).

Addition of the handling of the new sco:ignoredBy property in the classes and properties views.

Update the version of conStruct after the latest additions.

Improve the error reporting system related to the uploaded ontologies on the file system.

Start using the Search endpoint instead of the Browse endpoint in prevision of deprecating the Browse service in the first structWSF beta version (to come next).

Fixes an issue with a path when the user wants to browse the dataset after importing.

Preparing conStruct for the release of the version 6.1.1.8

Adding the upgrade capability to each conStruct module.

This will only work if Drupal get fixed the way it is explained in the README.txt file.

Increase of the timeout for some WSF queries.

Addition of a link to the structImport module if it exists.

Add a new setting to enable/disable the search function for this module.

Fixes a problem with some variables that were used to create the error message to be returned to the users.

Fixes a few notices sent by PHP.

Fixes an error when the users were joining/leaving datasets (which are OG groups). The reference ID was not using the proper variable in that context, which was leading to a "dataset not found" error coming from structWSF.

Improve the error message when a user doesn't have the permissions to update a record from a specific dataset.

Fix an issue with the name of the file being uploaded to the server. Now the name reflect the proper name of the Form used to upload a file.

This fix also increase the maximum memory consumption to 256MB.

This commit add some new capabilities to the module.

(1) The now has a "Join this dataset" link that give him the possibility to join a dataset right from the user interface
(2) Now, every time someone create, update, join, modify, delete a dataset, he will get redirected to the structDataset main page. This uses the ?destination parameter.

Removing possible double slashes in some of the queries sent by structOntology to different structWSF endpoints.

Increase the timeout time for listing the datasets to 5 secs by default.

Make sure that the Namespace.php class is loaded when these scripts get executed. In rare cases, it was possible.

Changed the name of the conStruct settings admin menu item from "Settings" to "conStruct Settings".

Added a link item, in the Settings block, for structScones and structOntology if they are enabled on the instance.

Add a usecase when to display the admin menu items. If these dataset is a linked dataset, and that the user is an administrator, we enable him to unlink the dataset from the instance.

Fix some default CSS issues for structOntology.

Fix a few default structOntology CSS issues.

Fix a bug which was loosing the node ID reference in some linked-dataset usecases.

Use the new "hierarchy" mode of the Ontology: Read endpoint for the getSubClasses function call.

Check the documentation page for this new API call: http://techwiki.openstructs.org/index.php/Ontology_Read#getSubClasses

Improve the performence of the class by using strpos() instead of stripos(). Since this class is the central data processor of any structWSF endpoint, it is highly important to improve its performances. This will significantly improve the performances of a web service endpoints that will get be requested to manipulate the XML data to convert it in another format.

Stop using the drupal_json() API call since it was not *only* setting the proper headers, but it was manipulating the JSON resultset in some usecases. So we simply set the proper headers using drupal_set_header() and by echoing the resultset directly.

Adding missing images for structOntology

Normalization of the way the WSF-Registry Drupal variable was handled with its default value.

Change the way the display.php resultset templater was called. That way, the display.php templater can change the label (titles) of the results, and structSearch will take these modifications into account.

Fix a bug when a form was altered, one of the default value was TRUE when it has to be FALSE.

Added a new feature (appearing as a toggling button) to enable-disable the usage of the reasoner in the user interface. Depending how the ontology is built, this can have quite a different behavior on the user interface (depending what gets inferred by the reasoner).

Added a new feature (appearing as a toggling button) to enable-disable the usage of the reasoner in the user interface. Depending how the ontology is built, this can have quite a different behavior on the user interface (depending what gets inferred by the reasoner).

Normalization of the checking procedure  to see if a node is a dataset by using the new getGroupIdFromDatasetUri() API call.

Fix a bug to check if a dataset is a linked dataset when validating the creation of a new node.

Use the latest version of the getGroupIdFromDatasetUri only. No pre-post processing needed anymore.

Use the latest version of the getGroupIdFromDatasetUri only. No pre-post processing needed anymore.

Use the latest version of the getGroupIdFromDatasetUri only. No pre-post processing needed anymore.

Use the latest version of the getGroupIdFromDatasetUri only. No pre-post processing needed anymore.

Use the latest version of the getGroupIdFromDatasetUri only. No pre-post processing needed anymore.

Fix a serialization issue when the irONJSON schema was created in a ready-to-use JavaScript file.

Use the latest version of the getGroupIdFromDatasetUri only. No pre-post processing needed anymore.

Fix getDatasetFromUri and getGroupIdFromDatasetUri to work properly with the variable_search() function.

Use the latest version of the getGroupIdFromDatasetUri only. No pre-post processing needed anymore.

Setup the WSF-Registry (the registry of WSF networks available to the conStruct instance) to the one setuped in the settings.php Drupal instance. This is by default, and this will initialize the structNetwork module. If no WSF instance is available on this server, you will have to use structWSF to remove it, and to properly configure the ones that you want to use with this Drupal instance.

Apparently that the DOMNode->item() method does some manipulations to the HTML entities before populating the DOMNode->nodeValue variable. This means that if you use the DOMNode->item() method to get a reference to the node for which you want its content, this will un-encode the HTML entities that it can have. This is still unclear right now, but I am reverting the last commit I did that was using xmlDecode  on the nodeValue.

Creation of two new hooks:

  (1) hook_ontology_remove
  (2) hook_ontology_unload

These hooks enable other actions when an ontology get deleted from structOntology.

Fix an issue when sending queries, with LIKE wildcards, using the db_query() API.

This was introducing some potential issues when the first character, after the wildcard, was "s", "d", etc. which was considered as "%d", so a decimal value expected by the API.

To fix that, we had to double the % sign.

Now export the ironJSON schema when doing an update of the external schames from the laoded ontologies (when the "Update" button is clicked).

You will have to disable and re-enable the structOntology module in order to see the new irJSON schema path option in the structOntology settings page.

xml-decode some possibly xmlencoded data within the elements of a XML resultset.

fix the name of the getStructXmlSchema call to getIronXmlSchema. This is consistent with the irON specification naming.

Put the checkbox for tagging the page using Scones  at the bottom of the page.

This other update does add a new option to all Node edit forms. If this option is checked, the document will be processed using Scones. If it is unchecked, it won't be processed.

This was needed in case that you DON'T want to process a few internal pages.

This update turns structScones into a a module that will tag *ALL* the drupal pages of the Drupal instance upon node content changes. This means that all the Drupal pages (of any content type) will get processed with Scones. So, all the pages will be tagged, and all the pages will be searchable via structSearch and be accessible via any structWSF endpoints.

To install this update, you will have to:

(1) Use that new module file on your server
(2) Disable structScones
(3) Re-enable structScones
(4) Go to the structScones settings and check "Automatically tag all node pages using Scones" option

Then, to tag any page, you have to:

(1) Create or Edit a page, and save it
(2) When you finished to process all the pages you want, then you go back to the structScones settings page
(3) You check these two options: "Recreate TFIDF index upon settings save" and "Automatically retag all previously tagged documents."

Then you wait that structScones re-tag all the documents. This may take seconds, minutes or hours depending the number of pages you have to tag. If you stop your browser, the process will continue on the server side and won't stop until it finishes it.

Then, in the future, each time you save new node page, you will have to do step (3) above in order to finalize its tagging.

Then end-result of this is quite interesting (even if fully configuring Scones and structScones is a task in itself):

(1) All the drupal pages get tagged with the classes available in structOntology, and all the named entities available in your other datasets.
(2) The entire content hosted on Drupal (and not conStruct & structWSF) get accessible in structWSF (and so all the conStruct modules and all the structWSF endpoints)

New template used by structScones.

This new template is used to redirect all the Drupal pages that have been tagged with Scones to the actual drupal pages.

This template can be modified to fallback to another bibo:Document template that displays the information of that page instead of the generic template (owl_thing.tpl).

Remove the dataset reference in the target object so that structView can get its description from other datasets if it is not available in the current one.

Removed an orphan DebugBreak() DBG call.

This major update now creates NES Gate dictionaries from all the datasets hosted on the instance. All the records, in these datasets, that are tagged with a 'sco:namedEntity "true"' triple will be added into a Gate named entities dictionary with all the other recoprds that shares the same type.

A Gate NEs dictionary is created for each type.

Additionally, we are keeping an index with a reference to the URI of these records (this was not possible in Gate prior to this structScones upgrade). That way, we don't only extract strings for NEs, but also their URI.

We also upgraded the module to use the new custom dataset URI.

Fix the name of the component in that style sheet.

Updated the default template.

Changed the style of the admin tools box so that it is not floating anymore (and get properly embedded in the page).

Changed the core behavior of the module so that it can handle the records that have been defined in a dataset where the URI is customly defined.

IMPORTANT NOTE: this update is adding a hook into drupal, so to make it work, you have to disable the structResource module and to re-enable it. This action will recreate the menu table.

Flushed the output buffer before exporting the content in any format (this is to fix a bug where a return carrier was added before the XML declaration).

Flushed the output buffer before exporting the content in any format (this is to fix a bug where a return carrier was added before the XML declaration).

Moved variable_search() to the framework/utilities.php script.

Updated the description of the "Custom Dataset URI" Dataset content type field.

(1) Added a $this->smarty->templateLocationUrl variable to the smarty object so that each template knows where the templates folder is located.

(2) Now handling the *.tpl native Smarty files extension (we are still handling the .html extension as before).

(3) The default template now has to be owl_thing.tpl

(4) getInstanceRecordLabel() now use the new labels and description consolidated list in the Namespaces.php static class.

(5) getInstanceRecordDescription() now use the new labels and description consolidated list in the Namespaces.php static class.

(6) in setAttributeLinksTo() and setAttribute() we are not defining the dataset URI anymore when we do a crud/read query to structWSF. This is to try to get the label from another dataset than the current one.

(1) Updated getDatasetFromUri() to try to get the dataset URI from the record's URI when the dataset's URI is a custom one (and not the "/wsf/datasets" default one.

(2) Updated getGroupIdFromDatasetUri() to try to get the OG group ID from the record's URI when the dataset's URI is a custom one (and not the "/wsf/datasets" default one.

(3) Updated getResourceLabel() to use the new labels and description consolidated list in the Namespaces.php static class.

(1) Fixed the class to use the new labels and description consolidated list in the Namespaces.php static class.
(2) Added a parameter restrict the attribute/values to get from the endpoint for record.
(3) Now, if the dataset is not defined, and if there is no way to get a dataset URI from the record's URI, then we query all the accessible datasets to the user.

Consolidated all the places where the labels and descriptions attributes may beused into the Namespaces static class.

Addition of the sco:unitType advance properties attribute in structOntology.

Fix a reference to the ontology to save. Before this fix, only the first ontology of the list was saved (the ontology index in the list was not following).

Properly reporting file permissions issues when an ontology gets imported using structOntology. This error usually happens when the file written by the Apache server is not readable by the OWLAPI Tomcat server.

This update is to list all the registered structWSF networks with a conStruct instance. When your conStruct instance get updated, you will see a drop-down box of all the available structWSF networks, in the WSF field when you create a new dataset. All the registered network, in structNetworks, are now listed in this box. This will makes the dataset creation process much easier to do.

To update your instance, you have to do the following:

(1) delete the Dataset content type on your instance
(2) re-import the Dataset content type using the content_types.cck file

Try to create a new dataset, and see if you see the list of registered networks.

Fix an issue when these modules were trying to access the registries that describes the loaded dataset on the conStruct node. The bug was appearing if the value of a setting was the same as the value of a dataset register.

Missing blue tag icon for editing Scones documents.

Missing blue tag icon for editing Scones documents.

Removed the $nid parameter of the proxy handling function. This was causing warnings when things were saved.

(1) Add the umbel:isAbout and umbel:isCharacteristicOf advanced properties into the properties view.

(2) Use the new proxy instead of the old proxy.php script. (this was missed in our last commits related to this proxy upgrade).

Addition of saveStructXML() and getValuePredicates(). These are not used directly in structOntology, but they improve the usability of the resultset.js library.

If a dataset file is imported in a dataset, using a custom URI, and that custom URI is existing, then the error message returned to the user is now:

"The dataset file you imported has been appended to the existing dataset referenced by the custom URI you provided."

Eventually we will want to upgrade structImport to give the choice to the user: append to the end of the existing custom URI dataset, or stopping and returning an error.